在处理不合格的工程部分时，需要采取科学合理的方法来确保工程质量符合标准。首先，应该对不合格的部分进行全面细致的检查和评估，明确问题的具体原因。这一步骤非常重要，因为不同的原因可能需要采用不同的解决方案。
接下来，根据检查结果制定整改方案。这个过程中要考虑到成本、时间以及安全等多方面的因素，力求在保证质量的前提下，尽量减少对整个项目进度的影响。同时，如果涉及到设计上的缺陷，则需要与设计师沟通协商，寻求最佳的修改方案。
对于一些较为严重的质量问题，可能还需要聘请第三方专业机构进行鉴定，并按照其建议执行相应的修复措施。此外，在实施整改的过程中，应加强现场管理，确保所有操作都严格按照规范来进行。
最后，完成整改后需再次进行验收，确认问题已经彻底解决且工程质量达到预期标准。如果仍然存在不合格的情况，则需要继续上述流程直至完全合格为止。
总之，处理不合格的工程部分要以事实为依据、法律为准绳，坚持高标准严要求的原则，并注重过程中的每一步骤，确保最终能够交付一个安全可靠、质量优良的工程项目。