工程设计不合理可能会导致多种质量问题，具体包括但不限于以下几个方面：
1. 结构安全问题：如果设计方案没有充分考虑建筑物所在地的地质条件、气候环境等因素，可能导致结构强度不足，承载力不够，从而影响建筑的整体安全性。
2. 使用功能缺陷：不合理的空间布局或尺寸计算错误等设计失误会影响建筑物的实际使用效果，比如房间过小、通风不良等问题，降低居住或使用的舒适度和便利性。
3. 能耗增加：设计时未能有效利用自然资源（如阳光、风力）或者选择了不当的材料和技术方案，可能会导致建筑在运营期间能耗过高，不符合节能环保的要求。
4. 施工难度大成本高：过于复杂的设计不仅增加了施工的技术难度，还可能因为需要特殊工艺或材料而大幅提高建设成本。此外，复杂的结构也可能给后期维护带来困难。
5. 法规遵从性问题：如果设计方案违反了国家和地区关于建筑规划、安全标准等方面的规定，则可能导致项目无法通过审批，甚至面临拆除的风险。
因此，在进行工程设计时必须充分考虑各种因素，并严格按照相关规范和标准执行，以确保工程质量。